Recordemos con respeto como 6.600 portugueses hicieron frente a una fuerza muy superior de infantes, independientemente de su ideología o motivos, fue una gesta magnífica y heroica.
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La iniciativa de comenzar la batalla partió de Castilla, con una típica carga de la caballería francesa: a toda brida y con fuerza, para romper la línea de infantería adversaria. Mas, tal como sucedió en la batalla de Crécy, los arqueros ingleses colocados en los flancos y el sistema de trincheras hicieron la mayor parte del trabajo. Mucho antes de ni siquiera entrar en contacto con la infantería portuguesa, la caballería ya se encontraba desorganizada y confusa, dado el miedo de los caballos a avanzar por terreno irregular y la eficacia de la lluvia de flechas que caía sobre ellos. Las bajas de la caballería fueron grandes y el efecto del ataque, nulo. La retaguardia castellana demoró en prestar auxilio y en consecuencia, los caballeros que no murieron fueron hechos prisioneros.
Tras este percance, la restante, pero substancial parte del ejército castellano entró en la contienda. Su línea era bastante extensa, por el gran número de soldados. Al avanzar en dirección a los portugueses, los castellanos fueron forzados a desorganizar sus propias líneas para caber en el espacio situado entre los dos ríos. En cuanto los castellanos estuvieron desorganizados, los portugueses redispusieron sus fuerzas dividiendo la vanguardia de Nuno Álvares Pereira en dos sectores, para afrontar la nueva amenaza. Viendo que lo peor todavía estaba por llegar, Juan I de Portugal ordenó la retirada de los arqueros y el avance de la retaguardia a través del espacio abierto en la línea de frente. Fue en ese momento en que los portugueses tuvieron que llamar a todos los hombres y se tomó la decisión de ejecutar a todos los prisioneros castellanos.
Atrapados entre los flancos portugueses y la retaguardia avanzada, los castellanos lucharon desesperadamente por la victoria. En esta fase de la batalla, las bajas fueron muy grandes por ambos lados, principalmente del lado castellano y en el flanco izquierdo portugués, recordado con el nombre Ala de los enamorados. A la puesta del sol, la posición de los castellanos ya era indefendible y con el día perdido, Juan I de Castilla ordenó la retirada. Los castellanos se retiraron en desbandada del campo de batalla.
Además, uno de los caballeros de élite de Nuno Álvares Pereira rompió su formación en una audaz persecución del Rey de Castilla, enfermo en su litera y casi lo mata, pero fue derrocado por la guardia castellana, costándole así la vida. Los soldados y el pueblo de los alrededores seguían el desenlace y no dudaron en matar a los fugitivos.
De la persecución popular surgió una tradición portuguesa en torno a la batalla: una mujer, de nombre Brites de Almeida, recordada como la Panadera de Aljubarrota, muy fuerte y con seis dedos en cada mano, emboscó y mató con sus propias manos a muchos castellanos en fuga. Esta historia no es más que una leyenda popular, pero la masacre que siguió a la batalla es histórica.
