Zeldathon fue fundada en otoño de 2009 por Matthew "MC" Moffit y Zak Ondish. Después de haber sido inspirado por otras maratones de juegos de caridad como The Speed Gamers, MC sugirió a Ondish que hicieran lo mismo durante las vacaciones de invierno, pero con su serie de juegos favoritos, The Legend of Zelda.
Después de su primer maratón, que recaudó 301 dólares, la motivación fue baja para seguir creando otro evento. Sin embargo, el único visitante del primer maratón, Robin "1862011" Coddington quería hacer otro como un proyecto de último año de secundaria. MC aceptó ayudar a Robin y con esta motivación, planearon y ejecutaron un segundo evento de verano.
Desde entonces, más de 70 jugadores de todo el mundo se han unido al equipo de Zeldathon, y los últimos maratones han contado con más de 60 participantes. En más de 23 maratones, el equipo ha recaudado más de $2,200,000 para buenas causas.
Esta edición se donará todo a : St. Jude Children's Research Hospital
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