A ver si se contestar a todo, alla va:
En lo referente al Service Pack 1 (SP1), es muy recomendable por no decir indispensable que lo instales, ya que soluciona gran cantidad de problemas y de fallos de seguridad que tiene Windows XP, al igual que es muy recomendable que instales los ultimos parches que haya disponibles para tu sistema operativo. Ya que solucionan fallos varios y cosas similares.
En lo referente a JAVA, tienes la maquina virtual de java de microsoft, que cuando hayas instalado el SP1, podras seleccionar que funcione como maquina de java predeterminada, para ello vete a configurar accesos y programas predeterminados, pincha luego en personalizado, y en donde maquina de java selecciona la de microsoft, o en el caso de que te instales el JAVA Plug-in de Sun Systems, seleccionas este, si usas Internet Explorer te recomiendo que uses la maquina de JAVA de Microsoft, ya que en mi humilde opinion funciona mejor.
En cuanto a FAT32 y NTFS, es mejor NTFS, ya que es un sistema de archivos mas actualizado, funcional y seguro con respecto a FAT32, ademas de que el tamaño minimo de un archivo se reduce considerablemente (no me acuerdo del tamaño exacto ahora mismo). Te recomiendo que tu disco duro lo pongas en modo NTFS, ya que sera mas solido y robusto que con FAT32.
Si buscas la maquina de java de Sun, echa un ojoj por www.java.com o www.sun.com y bajate el Java Runtime Enviroment.
Nos vemos!
