"problemas" con discos, fuente o qué?

Buenos días !
Tengo esta compu, con esta configuración:

https://imgur.com/200gBTi

Discos:

https://imgur.com/8EtUkei

El dato de algo "nuevo" que puedo brindar es que antes tenía un monitor y como se quemó, compré este nuevo, cuya resolución máxima es de 1366x768 (antes el que tenía era un Syncmaster 740N, y creo que era de mas resolución), pero bueno, lo que mi presupuesto daba hace un mes aprox cuando me lo compré era para ese. Los otros ya se iban al doble o triple de precio.
https://www.dricco.com.ar/producto/monitor-para-pc-185-hd-hdmi-noblex-ea18m5000/3509 (ese es el monitor)
Resulta que tenía 4 discos rígidos (dos SSD y y dos SAMSUNG HD204UI ATA Device). Resulta que uno de los dos Samsung dejó de funcionar (el CrystalDisk me decía que dejó de funcionar, asi que lo desconecté) ,y ahora como verán tengo 3. Los dos SSD y el otro Samsung.
El tema es que cuando el técnico me había instalado los dos SSD, en uno de los dos me instaló el sistema operativo pero sin usarse.
el C era el que usaba como disco de sistema (SSD)
el D y E eran los Samsung
el F era el otro SSD (con el Windows, pero sin usarse).
Resulta que cuando desconecté el Samsung que dejó de funcionar, no arrancó mas, y estuve pensando en qué habría pasado, o qué habría hecho, hasta que logré hacer arrancar de nuevo el sistema, PERO con el SSD que vendría a ser el F, al otro lo formateé por error y confusión (el que anteriormente era el C).
Ahora resulta que noto el sistema medio como "lento", como que no está igual que antes ... Qué podrá ser? Habré conectado los SSD en lugares donde no tienen que ser? Digo, en Sata en lugar de Sata3 o algo asi o no tiene nada que ver?
Ah, y la otra de las cosas es que cada vez que booteo el sistema tengo que apretar F12 para elegir con qué unidad quiero arrancar, porque tengo esto:
Verán aquí la captura:

https://imgur.com/Lvpr1XT

Esto de andar apretando F12 para elegir con qué unidad bootear es porque el C y el D son MBR? (ambos son los SSD).
Y para que esto NO me suceda de nuevo tengo que hacer que el D no sea / tenga MBR?
Gracias mil , y si necesitan que ponga alguna otra captura con gusto lo haré.
Y si algo no se entendió , por favor pregunten que trataré de aclararlo lo mas posible.
Gracias !