Piensa de otra manera.
La configuración del router supongo que será multipuesto, así que el router trabaja independientemente de los equipos que se conecten a él, es decir, no va a ver un programa que instalandotelo en tu PC controle el tráfico de otro PC de la red, porque realmente por tu PC no pasa su tráfico :d
Así que descarta programas que los instales en tu PC y tienes que mirar opciones para solucionar eso, creo que se podria controlar el tráfico con iptables (no recuerdo muy bien si se llamaba así), pero para eso el router tiene que tener un sistema operativo, etc..., hay algunos modelos que llevan un 'mini-linux' para funcionar, como algunos linksys o el comtrend's, algunos dlink, creo que también he oido algo, pero en cambio, por ejemplo el comtrend, aunque tiene iptables, no permite controlar el tráfico.
Otra cosa, es buscar que el router tenga QoS, si lo tiene, activalo, y luego solo tienes que hacer las reglas apropiadas, según la fuente o el destino para no colapsar la conexión, pero claro, para esto tienes que tener QoS, el router que yo tengo, el Comtrend CT536+ por ejemplo si tiene esta opción y en adslzone vi como ponerlo a funcionar, yo lo tengo activado, pero para priorizar el juego o la navegación frente al p2p.
Investiga páginas o foros sobre tu router a ver si tiene alguna característica que te pueda ayudar, si no..., es lo que tiene usar un router barato, otra solución es buscarte un buen router cisco de 200€ o usar un PC como un pentium como router de tu red 
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