Hola,
Vamos a ir por partes. :-)
Ubuntu (y la mayoría de distribuciones) tienen distintas arquitecturas. AMD64 es una arquitectura, no un procesador.
Al igual que IA32 (o x86) es una arquitectura que cubría Intel con sus Pentium y AMD con sus KX (K6,K7...) la arquitectura AMD64 la cumplen los Core de Intel y los de AMD.
De hecho, Intel tiene otra arquitectura de 64 bits llamada Itanium (IA64) pero que no ha funcionado en absoluto.
Resumen: la arquitectura AMD64 vale para tu core2duo. AMD64 es el standard de 64 bits hoy en día.
Por otro lado también he de decirte que el soporte de la arquitectura AMD64 no es total, en absoluto. Es decir, que si usas el pc como escritorio puede que tengas más problemas que ventajas utilizándola. De hecho tienes que utilizar librerías de 32 bits para muchas aplicaciones actuales que no tienen soporte 64 bits y lo único, en el fondo, que se mejora es la precisión de los datos (especialmente los de coma flotante). Vamos, que no vas a notar un incremento de velocidad brutal y si es la primera vez que usas GNU/Linux yo no te recomendaría usar una distribución de 64 bits, te recomendaría una x86 normal que está más trillada y facilita las cosas al newbie.
Por otro lado, yo tengo un disco SATA2 y me lo reconoce sin problemas (Ubuntu 7.10, en mi caso), así que no creo que haya problemas en tu caso.
De hecho mi pc es bastante similar al tuyo (demasiado... xDDD) y todo sin problemas. Hasta la aceleración gráfica se habilita con 2 clicks de manera automática.
Un saludo y suerte. :-)
