Aprendiendo mongodb+nodejs

Creo que es mejor que pongas el código que te falla directamente, qué le mandas, qué te responde, y por qué funciones pasa.
Así a priori veo un if (false) en tu código que jamás se ejecutará.
Tambien veo que haces user.save() sin esperar la respuesta, el flujo de ejecución sigue por su cuenta y si por lo que sea envias la response antes de que termine el proceso puede que se quede a medias.

A parte de eso, antes de meterte con un ODM como mongoose, hazte un CRUD a pelo usando el driver de mongo. Mongoose te pone una capa de abstracción encima, y si no sabes como funciona por debajo te puede hacer mas mal que bien.

Si quieres podemos hacer una llamada por discord y lo solucionamos.