Buenas, me explico un poco mejor...
Tengo un .txt con un porrón de datos, todos ellos en una línea y en otro .txt otro porrón de datos. Sería posible el comparar los dos .txt y que se "fusionaran"?
Pepe
Juan
Pepa
Antonio
...
Un saludo y gracias!
Claro que es muy posible, ya depende de como quieras hacer y con que lenguaje. Puedes hacer iterativo, o por mitades.
Bueno, lo he hecho más fácil al final. Con sublimetext.
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Gracias por las respuestas 
#4 gracias a ti joder, precisamente ahora tenía que hacer una comparativa de 2 columnas tochas y me estaba viendo que me iba a pringar unas horas en esa mierda xD
