La manera de indexar flash en google es un poquito engañosa, no indexas el flash realmente, sinó su contenido.
Explicación breve de como lo hacemos nosotros:
1) index que redirecciona a la version flash (si tienes flash y js) o a .php .asp .cf o lo que sea, en caso de que no.
2) realmente los contenidos son comunes para montar la pagina en flash como la pagina "html" (en nuestro caso, usamos XML)
3) esa pagina "html" es la que indexa el buscador, pero al hacer click en el enlace, pasas por el filtro "tengo flash?"(punto 1) que te reenviaria a la pagina en flash.
4) por rizar el rizo. Puedes hacer que desde un enlace url vayas a una seccion especifica dentro de tu flash.
Queda bastante mono darle a "midireccion.com/fotos" y que se cargue la web en flash,y el solito abra el menú pinche en la sección fotos y cargue el contenido 
Modo cutre:
Cojes los contenidos de tu xml, base de datos, lo que sea, y los muestras en el html que contiene a flash, pero de manera invisible para el usuario (div oculta, fuera de escena,o lo que sea) Indexa igualmente, pero puede darte problemas dado que el buscador "entienda" que estas utilizando contenido no visible para ser indexado (Cloaking) esto es penalizado por la mayoria de los buscadores.
Explicacion de Cloaking: http://google.dirson.com/posicionamiento.net/cloaking/
Espero haberme explicado con mas o menos claridad, que hoy estoy algo espeso.. 
