Buenas, tengo un dilema, y es que no se que estructura utilizar de cara a un proyecto, necesito poder meter muxos elementos, asi que necesito una structura que no se haga demasiao grande, aunke luego no sea rapida, no se si ha quedao muy claro, gracias
Lista enlazada...?
Si das mas datos (lo que vas a almacenar, tamaño aproximado, si necesitas algo rapido, etc), mejor 
No me acuerdo muy bien de la terminología java pero aquí va mi idea:
Creas una lista madre con todos los atributos que sean en común y luego para cada clase hija seleccionas los necesarios para cada una así tendrías dos clases y una hereda de otra.
La otra cosa esta en lo que dice #1... que tipo de información has de guardar?
Si te refieres a almacenar muchos objetos mira las Collections y los Maps, hay varios tipos y seguro que alguno se adapata a lo que buscas.
Si te refieres a estructurar varias clases en un proyecto, mirate los patrones de diseño de J2EE, al principio es un poco cansino andar haciendo VOs, DAOs, etc...pero luego a la hora de modificar algo se agradece.