Como puedo explorar un servidor apache, saber que carpetas y paginas tiene?
Con un script PHP que liste las carpetas no tienes que tener problemas.
Otra cosa es entrar a una carpeta que no tenga index y explorar desde el propio apache, pero necesitas tener una cosa activada y unos permisos, porque cuando lo instale yo a mano Apache2 me daba ese error, si un directorio no tiene index, deberia de mostrar las carpetes y en vez de eso me mostraba un mensaje de Forbidden (Prohibido).
Lo dicho, si al entrar en www.miweb.com/directorio te sale una página normal y corriente, olvidate, ahora, si al entrar en www.miweb.com/directorio puedes ver los archivos no hay problema.
Necesitaras el nombre del archivo para verlo o descargarlo, www.miweb.com/directorio.
También creo que puedes hacer una cosa (no lo he probado) con un gestor de descargas, ponerlo para que se baje todo lo que haya en www.miweb.com/directorio y entonces se bajaria todo (o eso creo) y si no hay ninguna protección.
No se me ocurre nada más :/.