Sector de arranque: problema divertidisimo

Mav

Un amigo me ha pedido que le ayude con un problema que tiene. Tiene dos discos duros de la siguiente forma:

Disco 1: (FAT32)
-Sector de arranque: Windows
-Contenido: 120 gigas de datos

Disco 2:
-Sector de arranque: Linux
-Contenido:
-Particion Linux 40 gigas
-Particion Windows 40 gigas

Es decir, que para arrancar un sistema operativo u otro tiene que modificar en BIOS cual es el disco que debe arrancar XD. Ademas, en un disco de datos tiene un sector de arranque.

Lo que quiere es quitar el sector de arranque del disco 1 (sin formatear, claro) y configurar el LILO del disco 2 para que sea capaz de arrancar windows. Esto ultimo no es dificil, pero para lo primero me gustaria con vuestras opiniones. Al final, deberia quedar como algo asi:

Disco 1: (FAT32)
-Sector de arranque: nada
-Contenido: 120 gigas de datos

Disco 2:
-Sector de arranque: Linux/Windows
-Contenido:
-Particion Linux 40 gigas
-Particion Windows 40 gigas

¿Alguna idea?

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