Los perisodáctilos son un orden de mamíferos completamente aislados, y sus representantes actuales, tapires, rinocerontes y equinos son sólo escasos restos de un orden en un tiempo muy ramificado, a diferencia de los artiodáctilos, que viven ahora su momento de esplendor. Los antecesores del caballo y las ramificaciones laterales extintas se han mantenido y conservado en secuencia sin interrupción gracias a factores de pendientes de su dimensión o de condiciones ambientales favorables.
En la base del árbol genealógico esta el Hyracotherium, que vivía en las florestas pantanosas de América septentrional y de Europa aproximadamente hace 50 millones de años. Su dentadura estaba formada por dientes cortos tuberosos, que permitían sólo masticar aplastando el alimento , sólo aptos para comer plantas suaves y jugosas.
El ojo estaba situado aproximadamente a la mitad de cráneo alargado, y el cerebro, relativamente pequeño, tenía una estructura primitiva.
Estos caballitos primitivos tenían tres dedos en las patas posteriores y cuatro en las inferiores.
En el estado siguiente de la evolución se encuentra el Orohippus, que continua la llamada rama principal en el Eoceno medio y no muestra todavía ninguna diferencia no notable de Hyracotherium.
En el oligoceno, hace 30 millones de años, vivía el Mesohippus, ya de dimensiones mucho mayores y con dedos muy torcidos.
Con Merychippus y la llegada del mioceno, hace 10 millones de años, no sólo cambian las dimensiones de los antepasados del caballo a lo largo de la rama principal, sino que también el cerebro sufre un cambio con la creación de nuevos surcos y se vuelve por primera vez equino.
En éste periodo, además, los dientes con corona baja se transformaron improvisadamente en Merychippus en molares con corona alta, y se puede pensar que esto se debió al paso de una alimentación a base de hojas de gramineas.