He estado informándome y parece ser que la historia del manga diverge respecto al anime, además de que cambian personajes, algunos no aparecen, y aparecen otros nuevos:
** Posibles Spoilers **
Pereza es un tío grandote y fortachón, no "la madre" de Ed y Al.
Soberbia en anime es Ira en manga, el Ira del anime no aparece (todavía) en el manga.
En el manga, es Cicatriz el que mata a los padres de Winly.
Hay un alquimista que no aparece en el anime: el Alquimista de Plata.
Barry el carnicero sobrevive y hace un trato con Mustang para ayudar a encontrar a los Homúnculos a cambio de su libertad.
Aparecen personajes de un país del este llamado Xing.
Tucker muere en el laboratorio 5 a manos de Cicatriz.
Lujuria muere a manos de Mustang, y no es "la novia del hermano de Cicatriz".
Hohenheim mata a Avaricia.
El lugar del tatuaje de los Homúnculos es donde tienen la piedra filosofal incompleta. Cada vez que se les mata, se consume un poco de ella; si se acaba, mueren.
** Fin Posibles Spoilers **
Aunque algunos de los cambios del anime creo que son acertados..
