Basicamente, el tema de "Mana" le fue agregado luego de que el Seiken Densetsu 2 fuera rebautizado Secret of Mana para USA. Es que Secret of Mana suena mejor que la traduccion literal, que es algo asi como "La Leyenda de la Espada Sagrada".
El primer juego de la serie era, de hecho, un spin-off de Final Fantasy llamado Final Fantasy Gaiden: Seiken Densetsu. Un "Gaiden" es una historia separada, tambien llamado a veces "side story". En este caso, considerando que cada FF es en un mundo diferente (no ultimamente pero vamos), se refiere a que el juego abandono el modo de juego tradicional de FF en favor de un estilo mas bien onda Zelda. Ya los Seiken Densetsu que siguieron abandonaron el titulo de Final Fantasy y crearon su propia saga.
Entonces, para aclarar, tenemos:
1991 - Seiken Densetsu: Final Fantasy Gaiden [GB] (lit. "La Leyenda de la Espada Sagrada: Historia Paralela de Final Fantasy", conocido en USA como Final Fantasy Adventure y en Europa como Mystic Quest)
1993 - Seiken Densetsu 2 [SNES] (Secret of Mana)
1995 - Seiken Densetsu 3 [SNES] (nunca traducido oficialmente, Secret of Mana 2 es un titulo usado por fans, nunca anunciado oficialmente)
2000 - Seiken Densetsu: Legend of Mana [PS] (simplemente Legend of Mana, se lo puede considerar un Gaiden con el sentido que explique mas arriba. NO es Seiken Densetsu 4)
2003 - Shinyaku Seiken Densetsu [GBA] (lit. "Nuevo Testamento de la Leyenda de la Espada Sagrada", llamado Sword of Mana internacionalmente. Remake del Seiken Densetsu: FFGaiden con la historia totalmente removida de conceptos de FF, y mas a tono con los otros juegos de la serie, con lo cual ahora es canonico y los otros no lo son)
2006 - Seiken Densetsu DS: Children of Mana [NDS] (un nuevo juego de la serie especificamente para la DS como titulo lo indica)
2006? - Seiken Densetsu 4 [PS2] (Esta en desarrollo, sera el primer juego de la saga en 3D)
Por lo que leo, a diferencia de FF, se considera que hay una cierta, vaga continuidad, pero no esta firmemente establecida.