Yo creo que Jon es un Targaryen y que tiene mitad de Stark y mitad de Targaryen.
Lord Stark era un hombre honorable y con una moral y etica ferreas e inquebrantables, dudo muchisimo que engañase a Catelyn sabiendose que era el amor de su vida y que eran (tal y como se ha mostrado) una pareja muy compenetrada.
Lo que yo creo que paso es que Lysanna (no se si se escribe asi, la hermana por la que Robert empezo la cruzada contra los Targaryen) realmente estaba enamorada y tuvo un hijo con un Targaryen, pero Robert estaba cegado por ella y se embarco en una guerra por recuperarla. Al ganar este la guerra y al ser muy amigo de Lord Stark, este ultimo sabia que no podia comentarle lo de el hijo de su hermana puesto que Robert lo mataria, dada su repulsion hacia la casa Targaryen. Asi que haciendo de tripas corazon decidio aceptarlo como bastardo aun a sabiendas de que iba a hacer mucho daño a Catelyn. Pero era lo unico que le quedaba de su hermana...
Yo creo que se deja entrever tanto en la serie como en los libros (solo he llegado hasta el 4º y en esta temporada pasan al 5º casi sin tocarlo xD). Cada vez que se hace mencion a la madre de Jon, Lord Stark se pone a la defensiva siempre y hay mucho secretismo en torno a ello.
Pajas de sangre me estoy haciendo cuando veamos que Jon Snow tiene "el don" para los dragones que tiene su prima/hermana/whatever y que tiene sangre de dragon y tampoco sufre por las llamas.
La cuestion es... Jon Snow se disputara el trono de hierro con ella? (esto no lo creo, puesto que ya hemos visto que no es un hombre interesado en el poder).
Yo creo que Jon se acabara enrollando con Daenerys al ser los unicos restos de sangre de dragon que quedan para volver al linaje "puro" de antaño.
Ahi lo dejo.
