El juego comienza inmediatamente después de la final de Killzone 2 y sigue a anteriores juegos; ISA a contra el Imperio Helghast. El juego continúa con éxito poco después de que Sev y Rico derrotaran a Radec y mataran a Visari, el dictador Helghast, que los deja con una flota de barcos Helghast acercarse a ellos la destrucción de los buques de ISA.
La muerte de su dictador ha dejado el Imperio Helghast en un estado de lucha interna. Ahora, Sev y su compañero Rico se encuentran atrapados en el fuego cruzado entre las distintas facciones políticas sin ningún tipo de refuerzos y se dejan a luchar solo con el fin de escapar de la ISA luchas de reagrupar sus fuerzas. El juego también dará a los jugadores una mirada más profunda en la cultura Helghan como su lengua y mostrar lo que la humanidad se han dejado en ellos.
La historia de Killzone 3 también será más alegre en comparación a su predecesor, que Guerrilla consideró una grave y oscura historia demasiado que fue una de las principales quejas de la original, aunque se mencionó que no sería demasiado light-hearted ya que sigue siendo una guerra. Por otra parte, Guerrilla Games ha contratado a un escritor externo para centrarse sólo en escribir la historia a fin de dar una nueva perspectiva a la historia, así como la contratación de muchos más actores de Hollywood para elevar el nivel de la narración en el diálogo del juego.
Guerrilla Games también han mencionado que el juego de la historia será una parte integral del juego con el diálogo y el desarrollo del carácter de ser mejorado en gran medida de su predecesor. Por otra parte, Guerrilla Games también ha dicho que están limitando la toma de posesión en Killzone 3 , que muchos consideraron no era necesario en el diálogo de Killzone 2 . Mencionó que el diálogo en el juego debe centrarse en el avance de la historia en lugar de "gratuita" toma de posesión.
